Opini Akademisi July 5 7 Min Read

Pengenalan DNA Sequencing : Metode Sanger dan Metode Maxam-Gilbert




DNA Sequencing adalah penentuan sekuens nukleotida dalam molekul DNA dengan beberapa metode. Metode-metode yang umum digunakan adalah metode Sanger dan Metode Maxam-Gilbert. Kedua metode ini memiliki prinsip yang berbeda, namun keduanya sama-sama menghasilkan suatu kumpulan besar DNA yang dimulai pada satu titik dan berakhir pada titik lainnya. Dimana titik tersebut merupakan basa nitrogen tertentu dalam suatu untai DNA. kedua metode ini menggunakan empat reaksi khusus pada proses fragmen DNA hasil Sequencing.

Metode Sanger

Metode Sanger Sequencing tidak menggunakan bahan kimia untuk menentukan susunan basanya. Metode Sanger mengacu pada terminasi prematur dari sintesis DNA yang menghasilkan Chain-terminating dideoxynucleotides yaitu tidak ada 3' hidroksil deoksiribosa dalam reaksi DNA polimerase. Sintesis DNA diinisiasi oleh primer yang menghasilkan empat reaksi terpisah yang berjalan secara serempak. Tiap rekasi mengandung satu deoksinukleotida (A, C, G, T) dimana pada tahap selanjutnya akan menghentikan sintesis DNA. Hal tersebut terjadi karena tidak ditemukan grup 3' hidroksil untuk penambahan nukleotida berikutnya, sehingga dihasilkan serinya mengalami terminasi pada basa yang ditampilkan oleh dideoksinukleotida.

Terdapat beberapa faktor penting dalam metode Sanger yaitu:

1. Penggunaan enzim retriksi untuk memotong DNA menjadi fragmen-fragmen dengan sekuens yang unik.

2. sintesis untai DNA yang berkomplemen dengan fragmen yang diretriksi.

3. Penggabungan modifikasi nukleotida yang berfungsi menghalangi sintesis DNA.

Metiode Maxam-Gilbert

Metode ini menggunakan sejumlah DNA yang di digesti oleh enzim retriksi endonuklease, metode ini memisahkan DNA untai tunggal melalui beberapa perlakuan kimia yang memisahkan molekul DNA dan menyusunnya menjadi fragmen-fragmen berdasarkan perbedaan urutan jumlah pasangan DNA. fragmen-fragmen tersebut kemudian dibagi menjadi empat bagian yaitu: T, C, G, A dan dielektroforesis untuk mendeteksi dengan menggunakan autoradiography. Ke empat kombinasi basa yaitu A, G+A, C, T+C dibandingkan untuk mengetahui basa-basa yang terdapat pada fragmen dan menentukan susunan basanya. Zat kimia yang digunakan dalam reaksi adalah dimetilsulfat yang berguna memotong basa purin dan mengikat guanin lebih baik daripada adenin, sedangkan untuk memotong sitosin maupun timin menggunakan hydrazine.

Kedua metode ini memiliki perbedaan, metode Maxam-Gilbert melibatkan degradasi kimia dari DNA asli, sedangkan metode Sanger melibatkan sintesis untai tunggal DNA template menjadi untai ganda dengan bantuan DNA polimerase. Metode Sanger memiliki kelebihan antara lain memiliki susunan basa yang lebih lengkap dari DNA template dan menggunakan bahan yang relatif mudah didapat. kekurangan metode tersebut adalah lamanya proses sequencing dan kurang ekonomis.

Analisis genetika menggunakan marker yang digunakan dapat berupa sekuens DNA yang diulang-ulang. Salah satu marker tersebut adalah VNTRs (variable number tandem repeatsI) yang terdiri atas 10-1000 pasangan nukleotida yang berulang beberapa kali secara tandem. sebagian besar minisatelit dibatasi oleh sekuens DNA yang untuk. DNA genom dipotong dengan enzim restriksi yang tidak memiliki site yang dikenali dalam sekuens tandem berulang dan meninggalkan tandem berulang yang tetap terkait. Minisatelit telah digunakan dalam DNA fingerprinting yang berguna dalam penyelidikan forensik.

apt. Nasri, S.Farm., M.Farm.                 
83 0 0
Bagikan ini ke sosial media anda

(0) Komentar

Berikan Komentarmu

Tentang Generasi Peneliti

Generasipeneliti.id, merupakan perusahaan resmi dibawah PT Solusi Riset Indonesia yang berfokus untuk menyebarkan berita-berita baik terkait akademik di Indonesia


Our Social Media

Hubungi Kami


Customer Service

+62 8127-5915-940
generasipeneliti@gmail.com
Flag Counter

© Generasi Peneliti. All Rights Reserved.