Cara mendapatkan Software Amber dengan Gratis

Amber adalah perangkat lunak simulasi dinamika molekul yang banyak digunakan oleh peneliti, terutama untuk simulasi Protein-Ligand. Kelebihan Amber dibandingkan perangkat lunak lain adalah adanya tools MMPBSA.py dan MCPB.py. MMPBSA.py adalah tools yang dapat digunakan untuk menghitung free energy baik dengan MMPBSA dan MMGBSA. Sedangkan MCPB.py adalah tools yang dapat digunakan untuk parameter logam dalam simulasi dinamika molekul pada protein. Amber dan Ambertools berbeda, Amber adalah perangkat lunak simulasi dinamika molekul berbayar yang sudah terintegrasi dengan kartu grafis NVIDIA-CUDA, untuk Amber perangkat lunak yang digunakan untuk simulasi dinamika molekul yaitu pmemd. Sedangkan Ambertools adalah perangkat lunak gratis yang dapat digunakan untuk preparasi dan simulasi dinamika molekul, pada Ambertools Tools yang digunakan untuk simulasi yaitu sander. Sander hanya bisa berjalan di CPU dan belum terintegrasi dengan GPU.

Harga perangkat lunak amber adalah 500 USD atau sekitar 7,4 juta, untuk mendapatkan perangkat lunak Amber dengan gratis dapat memanfaatkan fee waivers. Fee Waivers adalah penghapusan biaya lisensi untuk peneliti di luar negara Amerika Utara, Eropa Barat, dan Jepang. Permohonan penghapusan biaya lisensi dapat meng-email ke dacase.ambermd@gmail.com sangat dianjurkan menggunakan email institusi, selanjutnya jelaskan keadaan anda dan keterbatasan anda dalam membeli lisensi dari Amber (dalam bahasa inggris), jelaskan juga kebutuhan anda mengapa anda harus memiliki program Amber (pmemd). Jika pihak Amber setuju dengan permohonan pengajuan fee waivers, maka pihak Amber akan memberikan form pengisian pembebasan biaya dalam satu minggu.  Pihak Amber juga memberikan lisensi dan link download Amber via email. Berikut ini link dan beberapa tutorial penggunaan Amber http://ambermd.org/GetAmber.php dan http://ambermd.org/Manuals.php