Artikel Preprint adalah versi karya (makalah) penelitian yang tidak melalui proses tinjauan sejawat tradisional dan melaporkan penelitian yang sedang berlangsung atau penelitian yang telah selesai. Penerbitan preprint membawa sejumlah manfaat, termasuk penyebaran penelitian yang cepat [1]. Di Asia Tenggara, termasuk Indonesia, posting artikel preprint telah menjadi platform yang populer untuk diseminasi penelitian, dan sudah melibatkan banyak pihak seperti RINarxiv dan IndiaRxiv  [2]. Hal ini didorong juga oleh perkembangan dunia yang begitu cepat, seperti terjadinya pandemi COVID-19, yang menuntut diseminasi cepat terhadap hasil penelitian [3]. Artikel ini akan berfokus pada peran artikel preprint pada kajian desain obat, dan bagaimana pengaruhnya di bidang ini. 

Dalam bidang desain obat yang bergerak cepat ini, artikel preprint telah menjadi alat yang ampuh, yang sangat mempercepat penyebaran hasil penelitian. Peran mereka dalam memajukan pengetahuan ilmiah dan mempercepat pengembangan pengobatan baru adalah sangat signifikan. Tren ini telah meningkat pesat dalam beberapa tahun terakhir, terutama di kalangan komunitas peneliti desain obat, karena preprint menawarkan cara tercepat dan paling efektif untuk berbagi pekerjaan mereka dengan orang lain sebelum menjalani tinjauan sejawat formal [4].

Cara lain yang digunakan untuk mempublikasikan publikasi studi desain obat adalah melalui server preprint seperti bioRxiv (https://www.biorxiv.org/) dan ChemRxiv (https://chemrxiv.org). Para ilmuwan dapat membuat manuskrip tersedia di server, dan publikasi dapat segera tersedia untuk umum. Hal ini sangat penting dalam desain obat, di mana waktu seringkali menjadi faktor krusial ketika upaya untuk memenuhi tantangan kesehatan yang mendesak.

Salah satu manfaat preprint yang paling penting dalam penelitian desain obat adalah bagaimana temuan-temuan baru dapat dibagikan dengan cepat. Sebagai contoh, karya yang berikut ini ini diposting di server bioRxiv menggambarkan metode komputasi baru untuk memprediksi interaksi obat-target yang berpotensi mempercepat penemuan obat [5]. Dengan demikian, pembagian metodologi baru yang begitu cepat memungkinkan para peneliti lain untuk membangun dan menyempurnakannya, menciptakan sebuah komunitas yang dapat memajukan bidang ini lebih cepat daripada yang mungkin dilakukan melalui jalur publikasi tradisional.

Dalam kasus seperti itu, preprint menjadi jalan yang sangat penting. Dalam kasus pandemi COVID-19, beberapa studi desain obat disimpan sebagai preprint, sehingga memfasilitasi penyebaran ide terapi yang berpotensi berguna; misalnya, salah satu studi Bioarxiv menggambarkan desain inhibitor small organic molecules untuk protease utama SARS-CoV-2 dan tidak diragukan lagi akan membantu para peneliti lain yang bekerja pada pengobatan melawan COVID-19 [6]

Preprints juga memiliki fungsi penting dalam menetapkan prioritas penemuan di bidang kompetitif seperti desain obat fully synthetic, dan juga biosimilars [7,8]. Preprints memungkinkan para ilmuwan untuk dengan cepat mengklaim ide atau pendekatan baru dalam lingkungan di mana kekayaan intelektual selalu menjadi perhatian. Hal ini dapat sangat membantu bagi para peneliti yang masih dalam tahap awal karier atau mereka yang berada di laboratorium kecil.

Kami di Indonesia International Institute for Life Sciences atau i3L juga telah menggunakan media preprint untuk melakukan diseminasi hasil penelitian. Alasan mengapa kami lakukan ini, agar mendapatkan feedback yang lebih cepat dari komunitas ilmiah, untuk penyempurnaan penelitian kami. Awalnya, kami memposting preprint di repository milik BRIN (RINarxiv) untuk dasar-dasar bioinformatika struktural, untuk titik berangkat dan fondasi dari penelitian kami [9-10]. Kemudian, kami mengembangkan metodologinya untuk pengembangan desain obat alzheimer, Myelofibrosis, dan hiperhidrosis [11-13]. Menariknya, kami dalam beberapa kesempatan memang mendapatkan feedback untuk penyempurnaan makalah kami, seperti memperluas cakupan sampel dan memperjelas indikator/parameter software yang digunakan. Hal ini akan sangat sulit ditemui jika makalah langsung di submit ke jurnal. 

Di satu sisi, sudah sangat jelas bahwa artikel preprint sangat bermanfaat bagi diseminasi keilmuan, terutama pada kajian desain obat. Di sisi lain, kita harus menyadari bahwa preprint belum melalui tinjauan sejawat. Sehingga kita harus berhati-hati dalam menafsirkan hasil dari preprint dan membacanya dengan sekritis mungkin [14]. Keseimbangan yang tepat harus dicapai antara kebutuhan untuk penyebaran yang cepat dan validasi yang ketat oleh komunitas ilmiah. Banyak jurnal yang kini secara eksplisit mengizinkan penyerahan naskah yang sebelumnya dibagikan sebagai preprint, dengan mengakui nilainya dalam proses ilmiah [15]. Hal ini menjadi sangat penting untuk kajian desain obat, terutama jika kedepannya akan diimplementasi di laboratorium (wet lab). Masukan dari komunitas ilmiah akan sangat bermanfaat untuk pada akhirnya menyempurnakan makalah tersebut, sebelum nantinya di submit ke jurnal. Sehingga ketika desain secara in silico diaplikasikan pada wet lab, maka pekerjaan maupun hasil yang diperoleh akan jauh lebih terarah. 

Dengan demikian, artikel preprint kini telah dimasukkan ke dalam ekosistem penelitian desain obat secara umum. Mereka menyediakan platform untuk berbagi temuan baru dengan cepat dan mendorong kolaborasi, yang secara khusus ternyata sangat membantu dalam menangani masalah kesehatan yang mendesak. Seiring dengan semakin berkembangnya komunitas ilmiah, artikel preprint akan memainkan peran yang semakin penting dalam pengembangan penelitian desain obat di masa depan.

Referensi:

[1] McPhee. (2024). What Are Preprints? https://blog.mdpi.com/2024/06/12/preprints/ 

[2] Irawan, D. E., Zahroh, H., & Puebla, I. (2022). Preprints as a driver of open science: Opportunities for Southeast Asia. Frontiers in Research Metrics and Analytics, 7, 992942. https://doi.org/10.3389/frma.2022.992942
[3] Ridlo, I. A. (2023). Transformasi Penerbitan Ilmiah: Era Baru Pre-print dan Ulasan Sejawat. In Medium. https://iaridlo.medium.com/transformasi-penerbitan-ilmiah-era-baru-pre-print-dan-ulasan-sejawat-57ad8374dee0
[4] Subramanian, K., Nalli, A., Senthil, V., & Bhat, A. (2021). Pharmaceutical industry-authored preprints: scientific and social media impact. Curr Med Res Opin, 37(2), 269–273. https://doi.org/10.1080/03007995.2020.1853083
[5] Zhang, P.-D., Ma, J., & Chen, T. (2024). Escaping the drug-bias trap: using debiasing design to improve interpretability and generalization of drug-target interaction prediction. bioRxiv. https://doi.org/10.1101/2024.09.12.612771

[6] Westberg, M., Su, Y., Zou, X., Huang, P., Rustagi, A., Garhyan, J., Patel, P. B., Fernandez, D., Wu, Y., Ning, L., Beck, A., Karim, M., Hao, C., Saenkham-Huntsinger, P., Tat, V., Drelich, A., Peng, B.-H., Einav, S., Tseng, C.-T. K., … Lin, M. Z. (2023). Design of SARS-CoV-2 protease inhibitors with improved affinity and reduced sensitivity to mutations. bioRxiv. https://doi.org/10.1101/2023.07.19.549739

[7] Moshnenko, N., Kazantsev, A., Chupakhin, E., Bakulina, O., & Dar’in, D. (2023). Synthetic Routes to Approved Drugs Containing a Spirocycle. https://doi.org/10.3390/molecules28104209
[8] Nag, K., Islam, M. J., Khan, M. M. R., Chowdhury, M. M. R., Sarker, M. E. H., Kumar, S., Khan, H., Chakraborty, S., Roy, R., Roy, R., Oli, M. S. K., Barman, U., Bappi, M. E. H., Biswas, B. K., Mohiuddin, M., & Sultana, N. (2023). Development and qualification of a high-yield recombinant human {Erythropoietin} biosimilar. bioRxiv. https://doi.org/10.1101/2023.01.22.525046
[9] Bernard, S., & Parikesit, A. A. (2020). 3D Molecular Structure Analysis of NS2B/NS3 Proteases Derived from Dengue Virus and Zika Virus. RINarxiv. https://rinarxiv.brin.go.id/lipi/preprint/view/26 

[10] Parikesit, A. (2020). Protein Domain Annotations of the SARS-CoV-2 Proteomics as a Blue-Print for Mapping the Features for Drug and Vaccine Designs. RINarxiv https://rinarxiv.brin.go.id/lipi/preprint/view/24   

[11 ]Austin, F., Lunoto, D., Stepanus, A., & Parikesit, arli aditya. (2023). In Silico Screening of Lead Compounds for the Treatment of Hyperhidrosis Using Indonesian Plants Local Remedies. https://doi.org/10.26434/CHEMRXIV-2023-Q45G8

[12] Santoso, N. I., M???????, S. G., Nadya, K., Yeo, C., Budiono, E., Catherine, A., Kristi, D. S., & Parikesit, arli aditya. (2023). In-Silico Approach for Identification of The Most Potent JAK Inhibitors as a Possible Treatment for Myelofibrosis. https://doi.org/10.26434/CHEMRXIV-2023-LQLR2

[13] Merici, A., Surya, G., Trifena, C. B., Cahyadi, I. K., Shemuel, J., & Parikesit, A. A. (2024). Evaluation of Natural Flavonoid Compounds in Amyloid-β (Aβ) Inhibition for Alzheimer’s Disease Treatment. https://doi.org/10.26434/CHEMRXIV-2024-HT1PN

[14] Irawan, D. E. (2018). Preprint bukan duplikasi apalagi plagiarisme. In Good Science Indonesia. https://medium.com/open-science-indonesia/preprint-bukan-duplikasi-apalagi-plagiarisme-587c4c5ba935

[15] Irawan, D. E. (2017). Preprint bukanlah publikasi formal. In Good Science Indonesia. https://medium.com/open-science-indonesia/preprint-bukanlah-publikasi-formal-533fb11e75b6
 

Editor:     Rezekinta Syahputra Sembiring