Setiap tahunnya, INBIO Indonesia  selalu mengadakan bootcamp dengan berbagai tema atau topik yang sangat menarik. Bootcamp merupakan serangkaian kegiatan pelatihan bioinformatika yang difasilitasi oleh INBIO Indonesia dengan menghadirkan berbagai narasumber yang sudah professional di bidangnya. Topik kegiatan bootcamp kali ini adalah ‘Machine Learning, Molecular Docking, dan Dynamic Study: Computational Drug Discovery’. Bootcamp berlangsung setiap weekend selama satu bulan, dimulai dari tanggal 20, 21, 27, 28, dan 3 Juni.

Pada hari Minggu, 28 Mei 2023 topik yang dipaparkan yaitu Molecular Dynamic Simulation atau Simulasi Molekular Dinamik dengan menggunakan software Yasara. Materi ini dibawakan oleh Eka Diyah Putri Lestari, yang sekarang sedang menempuh S3 di Universitas Brawijaya. Sebanyak 15 peserta dari berbagai latar belakang studi mengikuti kegiatan bootcamp ini dengan antusias.

Pada bootcamp ini, terdapat dua sesi. Sesi pertama dilakukan Pengenalan Molecular Dynamics Simulation dan YASARA selama 2 jam. Kemudian, sesi kedua dilakukan praktik bersama atau hands on secara langsung menggunakan software Yasara yang didukung oleh sistem Plugin FoldX selama 3 jam. Eka menjelaskan bahwa metode simulasi molekular dinamik ini diperlukan setelah melakukan tahap molecular docking. Hal ini karena ikatan antara ligand dan target protein dapat menjadi tidak stabil saat berada pada lingkungan sebenarnya (wet lab).

Eka juga menambahkan bahwa makromolekul seperti protein lebih fleksibel dan dinamis karena memiliki kemampuan untuk berubah konformasi dalam menanggapi beberapa faktor eksternal seperti suhu, pH, muatan, konsentrasi ion, fosforilasi, atau pengikatan ligan. Kemudian, menurutnya metode ini juga diperlukan dalam mempertimbangkan adanya pelarut dan buffer dalam kompleks senyawa ligand-protein. Selain itu, software-software yang digunakan untuk molecular docking umumnya belum menggambarkan simulasi kompleks ikatan molekul dengan faktor-faktor eksternal di lingkungannya. Jikalau ada, itupun yang berbayar dan tidak bisa digunakan secara bebas.

Eka juga memaparkan bahwa hasil dari molecular docking dengan score binding energi yang semakin negatif, belum tentu stabil.

“Masih ada dua kemungkinan yang bisa terjadi, yaitu ikatan mudah terbentuk, tetapi bisa juga mudah terlepas, atau ikatan mudah terbentuk dan stabil (tidak mudah lepas)”, ujarnya. Dengan demikian, Molecular Dynamic Simulation sangat diperlukan untuk menganalisis hal-hal tersebut.

Secara eksplisit prinsip dasar Molecular Dynamic Simulation sendiri adalah menghitung besarnya gaya dari pergerakan molekul yang bekerja, kemudian menghitung pergerakan atom dan menampilkan analisis statistik pada setiap konfigurasi atom dalam satuan waktu. Software yang digunakan yaitu Yasara. Software ini ada yang tidak berbayar seperti Yasara View dan ada juga yang berbayar seperti Yasara Dynamic.

“Sebagai informasi INBIO juga menyediakan berbagai software berbayar yang bisa bapak-ibu gunakan, seperti Yasara Dynamic’, ungkap Eka.

Alasan digunakannya Yasara dalam hands on ini yaitu karena lebih mudah digunakan dibandingkan dengan software lainnya.

“Pada Software Yasara juga dilengkapi dengan file parameter dalam bentuk seperti kit yang hanya perlu diganti dengan variabel dependen. Yasara juga dilengkapi dengan Graphical User Interface (GUI), sehingga tidak mengharuskan penggunanya untuk memiliki keahlian dalam komputasi, khususnya bahasa pemrograman. Software Yasara ini juga lebih murah dari Schrodinger.”, tambah Eka.

Diskusi dan hands on berjalan baik dengan banyak interaksi, tanya jawab, dan kendala teknis yang disampaikan beberapa peserta. Peserta yang mengalami kendala dalam hands on akan dibantu langsung oleh Kak Eka. Semua peserta telah membuktikan konsistensinya dalam mengupgrade diri selama kegiatan Bootcamp berlangsung. Dengan demikian, diharapkan peserta dapat melalui program bootcamp ini dengan baik sehingga dapat menghasilkan produk-produk penelitian in silico yang nantinya dapat memberikan manfaat bagi masyarakat.

Eka juga berpesan apabila ada kendala teknis yang terjadi saat melakukan running dengan sampel pribadi, bisa bertanya atau mengontaknya saja secara langsung.

“Bahkan, peserta-peserta bootcamp sebelumnya juga masih kontak dengan saya”, ungkapnya.

Bootcamp pada tanggal 28 ini ditutup oleh Naufal Maarif selaku MC dan diakhiri dengan dokumentasi dan foto bersama.

Editor:     Radhiyah Mardhiyah Hamid