by INBIO

"Connecting The Dots of Sciences"

Trending

Naufal Maarif                 
348 0 0
Acara Akademik August 14 6 Min Read

MENGENAL AUTOMASI DALAM BIOINFORMATIKA BERSAMA MAS FARIS DI BRC-INBIO RESEARCHER TALK




Selain BRC-INBIO STAR (Sharing and Telling About Research), BRC-INBIO Researcher Talk Series merupakan Program rutin yang diadakan oleh BRC-INBIO. BRC-INBIO Researcher Talk menghadirkan peneliti yang berasal dari BRC-INBIO. Kali ini, salah satu Researcher yang diundang pada acara BRC-INBIO Researcher Series 4 adalah Faris Izzatur Rahman, S.Kom. Pada kesempatan tersebut Mas Faris (sapaan beliau) diberikan kesempatan untuk menjelaskan salah satu topik yang cukup menarik dalam Bioinformatika "Introduction to Nextflow For Bioinformatics Automation". Namun, kali ini penjelasan akan sedikit berbeda dari biasanya. Mas Faris sendiri memiliki latar belakang pendidikan di bidang Computer Science. Berbeda dengan pembicara-pembicara sebelumnya yang memiliki latar belakang biologi molekuler. 

Saat ini, Mas Faris aktif sebagai researcher di BRC-INBIO. Selain itu, Mas Faris juga pernah menjadi tim Satgas Covid-19 di Aceh pada tahun 2020. Mas Faris juga merupakan salah satu dari Tim BRC-INBIO yang menerima "Fundamental Research Grant Approval by Kemendikbud for collaboration project with Universitas Syiah Kuala". Kesibukan lain saat ini adalah Mas Faris juga merupakan peneliti di GSI-LAB (Genomik Solidaritas Indonesia). 

Berdasarkan latar belakang pendidikan tersebut, di awal pembukaannya pada BRC-INBIO Researcher Talk #4, Mas Faris memberikan sedikit Disclaimer bahwa materi ini akan dibawakan dengan gaya seorang Computer Science. Selanjutnya, Mas Faris menjelaskan terkait apa itu automasi dalam riset bioinformatika. Dalam riset bioinformatika yang biasa, akan memakan waktu sangat lama untuk melakukan running dari suatu program. Biasanya, peneliti akan meninggalkan perangkat tersebut karena komputer akan bekerja dengan sendirinya. Namun, terdapat beberapa penelitian yang tidak dapat dibiarkan/ditinggalkan dalam waktu yang lama. Peneliti dalam hal ini harus sering untuk mengecek apakah proses tersebut sudah dapat terselesaikan atau belum. Jika suatu proses sudah dapat diselesaikan, maka proses tersebut akan berlanjut ke proses berikutnya. Hal inilah yang membuat penelitian menjadi kurang efisien dalam segi waktu dan penggunaan komputer. Oleh karena itu, diperlukan adanya automasi agar penelitian tidak berlarut-larut dan dapat tetap terlaksana walaupun dalam waktu lama. 

Dalam penelitian, sering ditemukan beberapa masalah pada hal ini. Seperti bagaimana kita memproses suatu data mentah melalui beberapa tahapan untuk selanjutnya menjadi data yang kita inginkan. Tahapan-tahapan ini lah terkadang yang tidak dapat berjalan secara otomatis, tetapi harus dimulai (start) kembali seperti awal. Konsep automasi digunakan agar tahapan-tahapan ini dapat berlangsung secara otomatis tanpa harus dimulai dari awal. Dalam arsitektur komputer, konsep inilah yang kita kenal dengan “Pipe Line”. Pipe-line secara sederhana dapat kita katakan sebagai suatu konsep memproses data mentah melalui beberapa tahapan secara langsung di dalam suatu frame. Salah satu software yang menawarkan program ini adalah Next Flow.

Nextflow sendiri adalah workflow manager yang digunakan dalam penelitian genomik dan analisis data. Nextflow menggunakan bahasa programnya sendiri dan dirancang untuk menangani alur kerja komputasi yang kompleks di bidang ilmu kehidupan. Nextflow dikenal karena kemampuannya untuk mengelola data pengurutan dalam jumlah besar dan dianggap sebagai salah satu sistem manajemen alur kerja terbaik yang tersedia. Sistem ini sering digunakan bersama dengan alat dan paket perangkat lunak lain, seperti BWA-mem dan Genome Analysis Toolkit (GATK) untuk melakukan berbagai tugas bioinformatika. Nextflow bersifat portabel di berbagai platform komputasi dan didokumentasikan dengan baik, sehingga mudah digunakan dan diterapkan di lingkungan yang berbeda.

Nextflow sendiri saat ini sudah diterapkan dalam banyak riset bioinformatika. Untuk lebih jelasnya, Nextflow menawarkan beberapa penjelasan pada websitenya (https://www.nextflow.io/tags/bioinformatics.html). Bahasa Nextflow sendiri berasal dari Groofy yang merupakan turunan bahasa dari Java. Dalam kesempatan ini, Mas Faris juga menjelaskan beberapa keuntungan menggunakan Nextflow seperti Reproducibility, Portability, Scalability, Ease of Use, serta Community Support.

Banyaknya peserta yang antusias saat sesi diskusi menunjukkan bahwa peserta sangat tertarik dengan perkembangan Nextflow ini. Salah satu peserta bahkan bertanya apakah Nextflow ini dapat digunakan selain pada bidang bioinformatika. Namun, sejauh ini Nextflow hanya dapat digunakan untuk keperluan bioinformatika walaupun tidak menutup kemungkinan Nextflow dapat digunakan dalam bidang lain, ujar Mas Faris. Tentunya, masih banyaknya peserta yang penasaran dengan Nextflow ini dan menjadi tantangan bagi perkembangan ilmu bioinformatika di Indonesia. Tentunya dengan agenda seperti ini, diharapkan peserta yang berasal dari seluruh Indonesia akan memiliki antusias dan mulai mengarahkan risetnya tidak hanya berbasis wet-lab, tetapi juga didukung dengan analisis berbasis bioinformatika.


AUTHOR

Bagikan ini ke sosial media anda

(0) Komentar

Berikan Komentarmu

Tentang Generasi Peneliti

GenerasiPeneliti.id merupakan media online yang betujuan menyebarkan berita baik seputar akademik, acara akademik, informasi sains terkini, dan opini para akademisi. Platform media online dikelola secara sukarela (volunteers) oleh para dewan editor dan kontributor (penulis) dari berbagai kalangan akademisi junior hingga senior. Generasipeneliti.id dinaungi oleh Lembaga non-profit Bioinformatics Research Center (BRC-INBIO) http://brc.inbio-indonesia.org dan berkomitmen untuk menjadikan platform media online untuk semua peneliti di Indonesia.


Our Social Media

Hubungi Kami


WhatsApp: +62 895-3874-55100
Email: layanan.generasipeneliti@gmail.com

Kami menerima Kerjasama dengan semua pihak yang terkait dunia akademik atau perguruan tinggi.











Flag Counter

© Generasi Peneliti. All Rights Reserved.