Whole-Genome Sequencing (WGS) merupakan teknologi pengurutan genom makhluk hidup yang saat ini telah banyak membantu penelitian biologi, baik pada identifikasi variasi genetik dan biodiversitas maupun identifikasi penyakit dan kelainan yang dialami manusia, hewan, maupun tumbuhan. Oleh karenanya, Dekan Fakultas Biologi UGM, Prof. Dr. Budi Setiadi Daryono, M.Agr.Sc. bekerja sama dengan perusahaan bioteknologi Oxford Nanopore Technologies, Ltd. dan Yayasan Satriabudi Dharma Setia (YSDS) mengadakan pelatihan WGS terhadap tumbuhan melon dan cabai pada 30 November – 1 Desember 2023 di Gedung B, Fakultas Biologi, Universitas Gadjah Mada. Pelatihan ini bertujuan untuk mengujicoba metode WGS pada sampel melon dengan perlakuan cekaman air dan juga mengidentifikasi virus pada tanaman cabai yang terjangkit penyakit dengan bantuan teknologi perangkat PromethION 24 yang dikembangkan oleh perusahaan Oxford Nanopore Technologies. Pelatihan ini diikuti oleh peneliti, dosen, dan mahasiswa dari Fakultas Biologi UGM, peneliti dari Institut Teknologi Del, Sumatera Utara (ITDel) dan Biosystem Universitas Brawijaya.

Proses Ekstraksi 6 sampel daun melon yang dilaksanakan di Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Fakultas Biologi UGM, Kamis (30/11/2023)

Pada hari pertama (30/11), partisipan dipandu untuk mengikuti proses ekstraksi daun melon dan daun cabai di Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Fakultas Biologi UGM. Pada hari kedua (01/12), partisipan diarahkan untuk mendapatkan briefing acara dan teori secara umum di Gedung B, Fakultas Biologi UGM selama kurang lebih 30 menit, lalu diinstruksikan untuk mengobservasi instalasi alat, persiapan bahan habis pakai, dan melaksanakan metode WGS pada lokasi yang sama.

Aktivitas Briefing sebelum Pelatihan Dilakukan oleh Field Application Scientist dari Oxford Nanopore Technologies, Vania Gavrila Wikasa, Jum’at (01/12/2023)

Dipandu oleh Field Application Scientist dari Oxford Nanopore Technologies, Vania Gavrila Wikasa, partisipan dapat melakukan praktik langsung dalam proses sequencing yang dilakukan secara multiplex  atau men-sekuens dua atau lebih genom secara bersamaan. Seluruh partisipan diberikan lembar protokol pengerjaan dan dibagi menjadi dua kelompok hands-on, yaitu Kelompok Melon (6 sampel) dan Kelompok Cabai (4 sampel). Dua kelompok tersebut bekerja secara terpisah, namun keduanya memiliki proses yang sama yaitu dapat dirangkum menjadi  6 langkah, yang dimulai dari 1) ekstraksi sampel daun melon dan daun cabai (yang dilakukan pada hari pertama), 2) preparasi sampel dan amplifikasi DNA dengan PCR, 3) purifikasi DNA dengan bantuan AM Pure XP Beads, 4) perangkaian library dan pengikatan barcode pada sampel DNA, 5) Pengisian sampel DNA pada PromethION 24 flow cells, 6) Analisis hasil sekuens dengan software bioinformatika seperti database NCBI dan Integrative Genomic Viewer (IGV).