Tanaman cabai (Capsicum spp.) adalah tanaman penting secara ekonomi dan memiliki peran penting dalam industri makanan, pertanian, dan obat-obatan. Identifikasi spesies cabai yang tepat menjadi sebuah tantangan karena cabai memiliki variasi morfologi yang kompleks dan kerap terjadinya overlap antara spesies-spesies cabai yang berbeda. Sehingga dibutuhkan sebuah terobosan baru dalam melakukan identifikasi spesies cabai yang tepat. Salah atu terobosan yang dapat digunakan yaitu DNA barcoding. DNA barcoding menggunakan penanda molekuler sebagai alat yang efektif untuk mengidentifikasi spesies cabai dengan akurasi tinggi.

Wilayah DNA dan variabilitas genetik menjadi aspek biologis penting pada DNA barcoding cabai. Beberapa wilayah DNA yang dapat digunakan dalam karakteristik DNA barcoding pada cabai, yaitu Internal Transcribed Spacer (ITS), maturase K (matK) dan  rubisco large subunit (rbcL). ITS terletak di antara gen-gen ribosomal RNA (rRNA), matK terletak diantara exon trnK DNA kloroplas sedangkan rbcL terletak di kloroplas. Ketiga wilayah tersebut dapat digunakan sebagai penanda molekuler pada cabai. Sedangkan pada variabilitas genetik menunjukkan cabai memiliki varisi genentik yang signifikan di antara spesiesnya. DNA barcoding memanfaatkan variabilitas genetik untuk membedakan sekuens nukleotida atau perbedaan panjang wilayah-wilayah DNA yang digunakan sebagai barcode pada spesies-spesies cabai satu sama lain.

Gambar 1. Aspek Teknis DNA Barcoding pada Cabai

Aspek Teknis DNA Barcoding pada Cabai terdiri atas teknik analisis molekuler (PRC, sequencing, dan analisis bioinformatika) serta validasi dan standarisasi. Polymerase Chain Reaction (PCR) digunakan untuk mengamplifikasi wilayah-wilayah target dari genom cabai. Primer-primer yang dirancang secara khusus digunakan untuk mengamplifikasi wilayah-wilayah barcode yang diinginkan. Sekuens DNA hasil PCR kemudian diurutkan menggunakan teknologi sekuensing DNA modern seperti Sanger sequencing atau metode sekuensing berbasis next-generation sequencing (NGS). Sekuens DNA yang dihasilkan dianalisis menggunakan perangkat lunak bioinformatika untuk membandingkan dengan basis data referensi atau basis data genetik lainnya. Ini memungkinkan identifikasi spesies berdasarkan kecocokan sekuens dengan barcode yang diketahui dari spesies lain. Pentingnya validasi dan standarisasi protokol ekstraksi DNA, amplifikasi PCR, sekuensing, dan analisis bioinformatika tidak boleh diabaikan. Validasi dan standarisasi ini memastikan bahwa metode identifikasi DNA barcode yang digunakan dapat diandalkan dan dapat diulang dengan hasil yang konsisten di berbagai laboratorium (gambar 1).

Spesifisitas DNA Barcoding pada cabai dapat dilakukan melalui pemisahan spesies serupa, identifikasi spesies campuran dan pendeteksian varietas dan kultivar cabai. DNA barcoding pada cabai memungkinkan pemisahan spesies yang serupa secara morfologi tetapi memiliki perbedaan genetik yang cukup signifikan dan sangat bermanfaat dalam taksonomi dan identifikasi spesies dalam spesimen cabai yang kompleks. DNA barcoding juga dapat digunakan untuk mengidentifikasi spesies cabai dalam campuran atau produk-produk yang kompleks. Selain itu, DNA barcoding dapat digunakan untuk mendeteksi variasi genetik di antara varietas dan kultivar cabai yang berbeda sehingga DNA barcoding dapat membantu dalam pemuliaan tanaman cabai, pengelolaan sumber daya genetik, dan memastikan keaslian dan kebenaran varietas yang diperdagangkan.

DNA barcoding menggunakan penanda molekuler pada cabai adalah alat yang kuat untuk mengidentifikasi spesies cabai dengan akurasi tinggi. Dengan memanfaatkan variasi genetik di antara spesies-spesies cabai, teknik analisis molekuler yang canggih, dan analisis bioinformatika yang tepat, DNA barcoding pada cabai memiliki karakteristik dan spesifisitas yang memungkinkan untuk pemisahan spesies serupa, identifikasi spesies campuran, dan pendeteksian variasi genetik di antara varietas dan kultivar cabai.

Editor:     Rezekinta Syahputra Sembiring